photo Allcrew25_zps189be97b-1_zps3e05bb38.jpg

Gel Elektrophoresis

Posted by Sunday, May 19, 2013



Gel Elektrophoresis


                               
Gel elektrophoresis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan suatu fragmen DNA dengan cara mengaliri listrik.Dapat juga dgunakan dalam melihat apakah proses PCR yang dilakukan berhasil atau tidak.Dalam pemisahan fragmen DNA bergantung pada penggunaan gel khusus yang bekerja seperti saringan molekular.Salah satu gel tersebut disebut dengan gel agarosa.
Tahap Persiapan Gel Agarosa

                Penggunaan aliran listrik didasarkan dengan pengertian bahwa suatu DNA memiliki muatan negatif  (seperti pada gambar 1).Sehingga pada saat dialiri listrik maka molekul DNA akan bergerak ke arah kutub positif.
gambar 1

Tahap perlakuan kurang lebih dengan dituangkannya fragmen DNA ke salah satu ujung gel,dan ketika arus listrik dialirkan,maka fragmen-fragmen DNA akan bermigrasi menuju kutup positif di ujung lainnya.Tetapi karena gel agarosa bekerja seperti saringan ,maka fragmen yang berukuran besar akan sulit melewati pori-pori gel dibandingkan dengan fragmen DNA yang berukuran lebih kecil.Sehingga setiap fragmen akan dipisahkan berdasarkan ukuran.
Untuk melihat fragmen DNA tersebut,digunakan pewarnaan khusus yang disebut etidium bromida,yang dapat berikatan dengan molekul DNA.Meskipun tidak berwarna pada pencahayaan biasa,perwarna tersebut akan berwarna jingga terang jika diletakan dibawah sinar Ultraviolet (UV).
Hasil(melalui sinar UV)


               











 *Penggunaan voltase harus dibatasi ,karena apabila terlalu besar akan membuat suasana menjadi panas yang dapat menyebabkan melelehnya gel agarosa.
Untuk lebih jelasnya dapat anda lihat dalam animasi di Animasi gel elektophoresis

Sumber :
Brookes Martin(2005) dalam bukunya “Genetika”
Raharjo,Anto (2013) dalam kuliah “Instrumentasi Biologinya”
http://www.dnalc.org/resources/animations/gelelectrophoresis.html
http://snhs-plin.barry.edu/cell-biology-lab/cell_biology_lab1.htm


                 ‘Ketikan sederhana’ dari saya.Bukan bermaksud menggurui melainkan berbagi sedikit ilmu dan insyaallah sebagai metode menghafal bagi diri saya pribadi.
Karena ‘Menghafal dengan cara berbagi ilmu ,seperti mengukir diatas batu’.


Terimakasih ,Silahkan berkunjung pada ‘ketikan sederhana’ saya kembali.....

PCR (Polymerase Chain Reaction)

Posted by Tuesday, April 16, 2013


         Dalam Kuliah Instrumentasi Biologi dijelaskan mengenai PCR .Dalam ‘ketikan sederhana’ saya, kali ini akan memberikan paparan secara garis besar mengenai PCR.Karena dengan berbagi ilmu akan membuat kita semakin paham dengan yang kita sampaikan,karena itu mohon tinggalkan pesan dan komentar yang positif walaupun hanya sedikit.


PCR Thermocycler
           PCR merupakan sebuah metode untuk penggandaan (kloning) DNA secara in vitro tanpa menggunakan bakteri. Gagasan dasarnya ditemukan oleh Kary Mullis (1983)seorang ahli genetika Amerika,ia mengaku bahwa ide tersebut muncul pada saat dirinya sedang dalam keadaan mabuk narkoba dan berkhayal mengenai DNA.Hebat sekali bukan,bahkan penghargaan Nobel pun di dapatkan dengan cara mabuk-mabukan(tapi jangan dijadikan panutan!!).
           PCR memiliki kelemahan yaitu kita harus mengetahui sekuens DNA yang ingin kita kloning,jika tidak maka kembali lagi kita menggunakan cara konvensional dengan menggunakan bakteri.
           Reaksi PCR dilakukan dalam alat bernama Thermocycler yaitu mesin yang mampu dengan cepat mengubah berbagai suhu dalam susunan yang terprogram.Setiap reaksi PCR diperlukan beberapa bahan seperti Primer DNA.Primer merupakan potongan pendek DNA yang dapat mengapit gen yang akan dibuat salinannya.Primer tersebut berguna sebagai batasan kode gen yang akan kita perbanyak.
           Primer dimasukan kedalam tabung bersama dengan sampel DNA,keempat macam nukleotida(A,G,C,T) dalam jumlah banyak dan sedikit enzim DNA Polimerase atau Tag Polimerase.


Tiga Langkah Mudah

            Reaksi PCR terdiri dari 3 langkah dalam satu siklus (Denaturas-Anealing-Ekstention). Setiap langkah berlangsung kurang lebih 1 menit.Pada langkah pertama ,Campuran reaksi dipanaskan pada suhu 94-96'C sehingga DNA untai ganda terpisah menjadi dua untai tunggal.
           Meskipun pasangan primer sudah dimasukan ke tabung reaksi,primer tidak dapat menempel ke DNA dalam suhu setinggi itu.Jadi langkah berikutnya,suhu diturunkan kira-kira 50-56'C sehingga masing-masing primer dapat menempel ke bagian untai DNA yang saling menlengkapi dengan sekuens primer.
           Langkah terahir ,suhu dinaikan kembali kira-kira 72'C.Pada suhu tersebut enzim DNA Polimerase mulai menyintesis untai-untai DNA baru,dimulai dari posisi kedua primer.Dalam satu siklus PCR di dapatkan hasil DNA baru 2kali lipat dari awal.Hasil diketahui dengan rumus 2n.Setelah melakukan siklus 30 kali akan didapatkan DNA sebanyak 230=1.073.741.824.
Proses lebih jelas dapat dilihat diSini

           Dalam menentukan gagal atau tidaknya hasil PCR kita tersebut,maka dilakukan uji khusus selanjutnya yaitu Gel Elektrophoresis yang insyaallah akan dipaparkan dalam ‘ketikan sederhana’ selanjutnya ...

Sumber :
Raharjo,Anto (2013) dalam kuliah “Instrumentasi Biologinya”
Brookes Martin(2005) dalam bukunya “Genetika”
http://www.molecularstation.com
http://www.dnalc.org/resources/animations/pcr.html

photo new-3_zps46e582d2.gif

Terimakasih anda pengunjung ke

Followers Blog